1993. aastal moodustati viie asutuse ühendamisega Riigi Muinsuskaitseamet (alates 1998.aastast Muinsuskaitseinspektsioon). Sellega loodi esmakordselt sõjajärgsel ajal keskne muinsuskaitset korraldav valitsusasutus, mille põhiülesanded on riiklik järelevalve kultuurimälestiste ja muinsuskaitsealade üle, kultuurimälestiste registri pidamine ja kultuuriväärtuste väljaveotaotluste läbivaatamine. Nende ülesannete täitmiseks valmistab inspektsioon ette muinsuskaitsealaseid õigusakte ja jälgib kehtivate aktide täitmist, koostab riigi kaitse alla võetavate mälestiste nimekirju ja valmistab ette objektide tunnistamist kultuurimälestisteks, määrab kasutamispiiranguid ja teeb ettekirjutusi mälestiste omanikele ja valdajatele, kooskõlastab ja kontrollib mälestistega seotud projekte ja töid ning annab välja sellekohaseid lube ja litsentse. Inspektsioon korraldab ka riigieelarve vahendite kasutamist mälestiste hoolduseks ja restaureerimiseks. Olulised töölõigud on mälestiste kohta teabe kogumine, koostamine ja levitamine arhiivi ja raamatukogu kaudu ning kultuurimälestiste riikliku registri pidamine ja teistele registritele andmete esitamine, samuti koostöö korraldamine teiste riigi- ja omavalitsusasutustega ning muinsuskaitse usaldusmeestega. Inspektsiooni õiguste ja kohustuste hulka kuulub ka muinsuskaitseseaduse rikkujate vastutusele võtmise algatamine ning halduskaristuste määramine.

Struktuuriliselt jaguneb Muinsuskaitseinspektsioon järgmiselt:

- juhtkond

- ekspertiisiosakond

- kultuuriväärtuste väljaveo-ekspertiisiosakond

- maakondade inspektorid

Seadusandlus

Riikliku muinsuskaitse aluseks on õigusaktid, mis on ette valmistatud ja kehtestatud muinsuskaitseseaduse alusel või sellega kooskõlas. Neile lisaks reguleerib mälestiste kaitset viis Riigikogu poolt ratifitseeritud rahvusvahelist konventsiooni.

Arheoloogiapärandi kaitse aspektist tuleks nimetada asjaõigusseadust, mis käsitleb erilise väärtusega peitvara, planeerimis- ja ehitusseadust ning maapõueseadust, mis sätestavad kooskõlastuste nõudeid muistiseid ohustavatel töödel, maamaksuseadust ja riigilõivuseadust maksusoodustuste andmisel, ning karistusi kehtestavaid haldusõigusrikkumise seadustikku ja kriminaalkoodeksit. Arvukad Vabariigi Valitsuse määrused reguleerivad mälestiste kaitse alla võtmise korda, toetuste, soodustuste ja leiutasude määramist, tegevusalade litsentsimist (sh arheoloogilised uuringud, konserveerimine, restaureerimine) litsenseerimist ning vrakisukeldumist. Eraldi tuleb märkida aastail 1995 - 1998 valitsuse määrusega muinsuskaitsealade moodustamist üheteistkümnes ajaloolises linnakeskuses (Tallinn, Tartu, Pärnu, Viljandi, Valga, Võru, Rakvere, Paide, Haapsalu, Kuressaare ja Lihula) ning Jõelähtme valla mail Rebalas.

Arheoloogiamälestised

Seaduse kohaselt on üheks viiest mälestise liigist arhitektuuri-, ajaloo-, kunsti- ja tehnikamälestiste kõrval arheoloogiamälestised ehk muistised. Need on muinas- ja keskaegsed asulakohad, linnused, pelgupaigad, kultusekohad, matusepaigad, muistsed põllud, teed, sillad, sadamakohad, veealused rajatised, tööndusega seotud kohad, samuti arheoloogilised leiud.

Muististe andmebaas

Kogu Muinsuskaitseinspektsioonis olev informatsioon jaguneb kahte suurde blokki, mis omavahel on tihedasti seotud. Esimese bloki moodustavad traditsioonilised toimikud, kaardid, kartoteegid jmt., teise elektrooniline register ja sellel põhinev infosüsteem inspektsiooni arvutivõrgus.

Õhufotoarheoloogia

Viimastel aastatel on Ida-Euroopa maades seoses sõjaliste piirangute vähenemise või kadumisega varasemast oluliselt rohkem tähelepanu pööratud aerofotograafiale ehk arheoloogilisele õhuluurele. Eestis on seda pisteliselt kasutanud Valter Lang muinasasulate ja -põldude pildistamiseks, samuti Heiki Valk, Ain Mäesalu, Ants Kraut. Aerofotograafia üks võimalikke kasutusalasid meie tingimustes on suuri maa-alasid hõlmavate projektide nö arheoloogiline eelluure. Nii teostati 1997.aastal mitu lendu Tallinn-Tartu uue maantee trasside inspekteerimiseks, samuti katseliselt muististe väljaselgitamiseks või seisundi kindlakstegemiseks mitmel pool mujal raskesti ligipääsetavates või maa pealt halvasti vaadeldavates paikades. Sellega kaasnes ka efektsemate vaadete jäädvustamine mälestistest. Tulemuseks on inspektsiooni arhiivis ühtekokku tuhatkond aerofotot muinas- ja keskaegseist arheoloogia- ja ehitusmälestistest. Esialgse tulemusena võib väita, et lõuna- ja läänepoolsete maadega sarnaseid tulemusi Eesti maastiku õhuluurel loota ei ole. Suhteliselt vähe on meil muististe liike, kus seni avastamata kontuurid ilmneksid taimekasvu kontrastsete erinevuste näol (cropmarks). Pinnase värvierinevuste järgi (soilmarks) järelduste tegemiseks tuleb aga väga täpselt tunda reljeefi ja mullastikku. Oluliselt kahandab aerofotoarheoloogia võimalusi asjaolu, et paljud põlised asustuskeskused on kaetud võsa ja metsaga, ülesharitud aladel aga huvipakkuvad paigad maetud maaparandusest jäänud kivihunnikute alla. Muistsete põllusüsteemide ja asulakohtade, aga ka veealuste objektide avastamisel võib sobivates valgusoludes süstemaatiline pildistamine siiski häid tulemusi anda. Meetodi eeliseks meie oludes on õhust fotografeeritavate paikade dešifreerimise ja kaardil lokaliseerimise suhteline lihtsus, erinevalt näiteks suurte põldude või mäestike alade õhuluurega, kus kaardistamine võtab kogu tööprotsessist olulise aja.

Muinsuskaitsenõukogu

Muinsuskaitseinspektsiooni juures tegutseb kultuuriministri poolt nimetatud muinsuskaitsenõukogu, mille põhiülesandeks on mälestiste väärtuse hindamine ja ettepanekute tegemine kultuurimälestiseks tunnistamise, mälestiste kasutamise korra ja tingimuste küsimustes. Nõukogu juures tegutseb viis alalist ekspertnõukogu, nende hulgas arheoloogiamälestiste ekspertnõukogu. Sellesse kuuluvad diplomeeritud kutselised arheoloogid, kellel on pikaajalised teadus- ja muinsuskaitsealased töökogemused. Nõukogus on esindatud peamised arheoloogilise uurimistöö ja arheoloogiliste leidude säilitamisega ning muististe kaitsega tegelevad asutused ja organisatsioonid - Ajaloo Instituut, Tartu Ülikool, muuseumid, kohalikud omavalitsused, Eesti Arheoloogiaselts, Muinsuskaitseinspektsioon.

Usaldusmehed

Tulemuslik kultuurimälestiste kaitse üldiselt ja arheoloogiamälestiste kaitse iseäranis ei ole mõeldav ilma rahva laiema huvi ja toetuseta. 1936. aastal vastu võetud seadusega loodi alus maakonna muinsushooldajate ja muinsuskaitse usaldusmeeste võrgule. Selle lagunemist neljakümnendatel aastatel on Vello Lõugas hinnanud suuremaks kahjuks muististele kui otsest hävitustööd sõja ja kollektiviseerimise käigus. 1994.a. seadusega taastati muinsuskaitse usaldusmeeste institutsioon ning anti nende tegevuse korraldamine Muinsuskaitseameti pädevusse. Muinsuskaitse usaldusmehe tõend annab selle esitajale õiguse mälestisi kontrollida ja neid ohustavaid töid peatada.